…На 29 август 1927 г. Евгений пристига в Рим, за да специализира богословие на Източната Църква. Живее в генералната резиденция на пасионистите, намираща се в базиликата “Св.Св. Йоан и Павел”, близо до Колизеума. Намира се в центъра на християнството и в сърцето на Конгрегацията. Лесно укрепва във вярата, вдишвайки с пълни гърди въздуха на католицизма. Израства също и в любовта си към Конгрегацията: помага му контактът със събратята, идващи от различни части на света, но най-много го стимулира това, че живее в близост до гроба и тялото на основателя на Конгергацията Свети Павел от Кръста. През учебните 1927-1929 г. посещава Папския Източен Институт и е един от първите български духовници учили в него.
По време на следването го сполитат и проблеми със здравето. На 19 декември 1928 г. получава научната степен бакалавър, а на 28 юни следващата година и богословската диплома. Тръгва отново за България на 15 юли, където ще се посвети на работата по докторската си дисертация по източно-църковни науки и на свещеническите си задължения. За подготовката на дисертацията прекарва няколко месеца в София в института “Про Ориенте”, основан от дон Франческо Галони, който по-късно ще бъде назначен за апостолически делегат. На 20 март 1920 г. отново се връща в Рим, завършва окончателно дисертацията и я защитава на 2 януари 1932 г, като получава титлата “Доктор по теология”. Новината за това е публикувана във ватиканския вестник “Осерваторе романо”.
Докторската му дисертация е озаглавена “За унията между България и Римската църква през първата половина на XIII в.”. Написана е на лесен и достъпен латински език и обхваща един исторически период, смятан за относително успешен за нацията и за българските католици. Намерените архивни документи по този въпрос не винаги са ясни, затова и работата на Евгений не е била лесна.
Още в увода Евгений изразява живата надежда, че неговия научен труд ще допринесе за проблясъка на истината и за възраждането на онова единство, за което Христос се е молил и е умрял. В нея е вложена цялата му любов към Църквата и Папата и се разгръща неговия искрен екуменически дух. С тази чувствителност към екуменизма той изпреварва много от онова, което ще се каже на Втория Ватикански събор. За Евгений екуменизмът е истинска страст. Драматичното църковно разделение ще бъде за него непрекъснато болезнено страдание. Прилагайки документи, той възхвалява действията на българския цар Калоян (1197-1207), сключил унията с Римската църква през 1204г. по време на понтификата на Папа Инокентий III (1198-1216). Защитава и оборва изкуствено изработените клевети или лошите интерпретации срещу българския цар. Евгений извършва старателно историческо изследване, като се позовава на латински и български документи, които преди това не са били проучвани в тяхната взаимовръзка или, което е още по-лошо, са били пренебрегнати или лошо изтълкувани. Заслугата на Евгений е в техния анализ, придружен с много критично чувство.
Не се бои да засегне някои точки и спорни позиции на католически автори, които са изучавали същия период, както и не се страхува да направи оценка (дори и по малко недипломатичен начин) на някои стъпки на Римската курия. Историческият, теологичния и екуменичен поглед на Евгений е безупречен. Поглед, който не е замъглен от онази голяма любов към родината, която винаги е съхранявал и ще съхранява.
Бляскавият период на унията ще продължи и след смъртта на Калоян при царуването на наследника му Борил (1207-1218). Небето отново ще се затъмни по време на царството на Йоан Асен II (1218-1241), отлъчен от Папа Григорий IX (1227- 1241), вероятно през 1235 г. Образът на този превъзнасян от българската история цар извън обективните му заслуги, бива възстановен от Евгений в полагащите му се граници, като, разбира се, не е толкова светъл.
На 7 януари 1932 г. Евгений се завръща в България, вече с титлата богослов, за да започне своя апостолат. Онзи апостолат, който го привлича и за който е преминал най-приятната подготовка.
Но най-важното е, че той има вътрешното желание изцяло да се отдаде в служба на Божия народ.
Най-ценният запазен ръкопис е докторската дисертация на Евгений Босилков на тема: „За унията на България и Римската църква през първата половина на XIII век“, написана на латински език. Ръкописът е предаден в ДА-Враца от покойната му вече племенница сестра Габриела. Съхранени са два екземпляра, подшити във формата на книга-чернова с поправки и бележки по полетата, и белова от 109 листа.
Настоящата публикация, която използва като основа издание от 1998 г. в твърде ограничен тираж, е консултирана и редактирана от проф. Васил Гюзелев.
В църквата „Свети Павел от Кръста“ в Русе е запазен оригиналът на окончателна версия на дисертацията писана на латински с пишеща машина и представена на Папския Източен Институт в Рим от Евгений Босилков.
От дисертацията му тук прикачена са премахнати от нас всичките 419 бележки под линия на книгата, предложени от Евгений Босилков.
Tези, които се интересуват от тях, могат да ги намерят в текста в книгата „Архивите Говорят, Евгений Босилков, 23, документи от архивите на България и Франция“, Главно Управление на архивите при министерски съвет на Република България – Диреция „Информация и Архив“ при Министерството на Вътрешните работи, София 2002 г.